Прошло около года после того как команда Дена победила Ганделию в борьбе за священную сферу Нифии. Теперь бойцы полностью посвящены бакуган интерспейс. В бакуган интерспейс появляются две очень сильные команды - команда Селлоны стихии вентус и команда Анубиаса стихии Даркус, которые по силе не хотят уступать команде Дена. Дену и отчайным бойцам придётся попотеть, чтобы остаться лидерами. Во время боя у Дена и Драго часто возникают кошмарные видения, которые не дают сосредоточиться. Однажды во время боя из излишек энергии Драго появляется огромные бакуган Мектоган Зентон, но он не хочет им подчинятся и чуть было не уничтожает бакуган интерспейс, а потом просто исчезает. Ден и Драго решают отправиться на Новую Вестрою, чтобы научится управлять Мектоганом и избавится от этих видений, которые

С тех пор как отчаянные бойцы победили Зенагелда, произошло много изменений. Самым важным из них стало - выход бакуган интерспейс онлайн. Теперь все бойцы смогут поиграть в свою любимую игру бакуган, для этого достаточно лишь попасть в ближайшую точку доступа. Но радовались бойцы недолго. Оказывается далеко во вселенной идёт борьба между двумя планетами Гандэлией и Нифией, при помощи боёв в бакуган. Захватчики Ганделианцы, под руководством короля Бародиуса, хотят заполучить источник жизни планеты Нифии - сфященную сферу, чтобы использовать его в своих целях. Группа Ганделианцев проникла в бакуган интерспейс с целью завербовать как можно больше бойцов в свою армию. Но отчаянные бойцы не позволят так просто забрать игроков. Они перешли на сторону Нифии, чтобы остановить войну и спасти

Два с небольшим года уже прошло с тех пор, как бакуганы покинули землю и отправились на свою родную планету - Вестрою. Игра в бакуган постепенно начала забываться, все стали жить обычной жизнью. Но вот однажды Дэн, прогуливаясь по парку, услышал голос своего бакугана - Драго, обернувшись, он увидел, что это и вправду он. Зачем он прилетел? А главное как? Ведь он обрёк свою жизнь на бестельное существование в центре бесконечности ради поддержания равновесия в Новой Вестрое. На Новой Вестрое произошла беда - её захватили Вексы - люди с планеты Вестал. Сами по себе они дружелюбный народ который зовётся вестами, а вексы - это небольшая организация, которая хочет захватить Новую Вестрою под предводительством принца Хайдрона и его отца короля Зеногелда, а основную мощь этой организации

Однажды с неба на землю начали падать карты. Это происходило по всему миру - на Юге на Севере, они падали повсюду. Сначала люди не понимали, что это и откуда это, было ясно только одно - это было, что-то куда большее чем просто карты. Дети по всему миру, посовещавшись по интернету, придумали новую классную игру, а назвали её "Бакуган". Только после игры люди поняли, что же скрывали в себе эти карты - в каждой карте был монстр, а на этой карте были записаны характеристики этого монстра (боевая мощь, способности). Во время игры монстр (бакуган) принимал свои реальные размеры, а после принимал образ сферы не больше теннисного шарика.