Фильм представляет собой прямое продолжение сериала – и ещё больше отступает от манги-оригинала. Здесь сохраняется драматизм «Стального Алхимика», а сюжет по-прежнему связан с проблемой выбора и платы за этот выбор. Но если в сериале браться Эльрики искали философский камень, дабы исправить совершённые ошибки, то теперь поисками занят только Эдвард, разлучённый с младшим братом.

Действие разворачивается в городе Милос, что расположен между Кретом и Аместрисом. Два юных героя, прибывают в данный город, преследуя преступника, который сбежал из тюрьмы, оставив за собой лишь след полный тайн и загадок. Попав в очередную передрягу Эду, вместе с Алом предстоит решить самую главную тайну, что хранит в себе город. Что же из себя представляет "Священная звезда Милоса"

И снова Коноха находится в эпицентре событий. Из скрытых деревень Травы, Песка, Камня и Облака пропадать синоби обладающие измененным геномом. И, конечно же, все стали подозревать Коноху – ведь только там не пропал ни один синоби. Цунаде отправила разведку, которая должна была определить местоположение виновника этих преступлений. Все следы ведут на гору Сумисэн… Но неожиданно, в небе появилась загадочный человек, который представился, как Хируко. Он сказал, что собрав все геномы и став бессмертным, он начнет Новую Великую Войну синоби!

Бывают встречи, которые меняют нашу жизнь, иногда даже цели. Жизнь известного наемница по имени Гатс изменилась после встречи вожака одного известного отряда Соколов. Имя этого вожака Гриффитс. Отряд под его правлением ни разу не потерпел поражений в бою. Гатс пытается оправдать доверие и ожидание людей из отряда, проявляя доблесть, он завоевал уважения многих из них. Даже уважение он единственной девушки-мечника в отряде – Каски. Какую цель преследует отряд Гриффитса? Достигнут ли они своей цели?