Гражданская война, названная Реставрацией Мэйдзи, окончилась. В Японии полным ходом идут реформы по западному образцу. Нет больше сёгуната, созданы парламент и правительство, самураи примеряют европейские костюмы, крестьяне получают фамилии, расцветают торговля и предпринимательство. Вот только почему герой тайной войны времен Бакумацу неузнанным бродит по стране в обличии добродушного простака, помогая всем, кто в беде, и ничего не прося взамен? Так Химура Кэнсин, великий мастер меча и бывший убийца поневоле, пытается искупить грехи прошлого и найти мир в израненной душе.

Прошло 15 лет после загадочной глобальной катастрофы, поставившей человечество на грань выживания. Но оставшихся в живых впереди ждут еще более страшные испытания... Землю атакуют "Ангелы", загадочные гигантские существа, появившиеся неизвестно откуда. Единственное оружие на планете, способное им противостоять - роботы серии "Евангелион", созданные при помощи передовых биотехнологий. Правда, сражаться с помощью этих огромных машин способны только те пилоты, которые могут полностью "синхронизировать" себя с роботом и управлять "Евангелионом" как собственным телом.

Будущее. 2046 год. Человечество освоило Марс и устанавливает там свое общество. Добиться всех этих успехов им помогли биороиды второго поколения – они живут среди людей самой обычной жизнью. Но, случилось то, чего никто не ожидал…. Из-за экономического спада у людей резко ухудшилось отношение к биороидам, все винили именно их во всех проблемах, которые начали происходить. Но почему именно их?!